Действие игры переносит нас в 2012 год, на территорию Чернобыльской атомной электростанции, где в апреле 2008 прогремел второй взрыв превосходящий аварию 1986 года в несколько раз. Создав Зону, на территории которой происходят очень странные вещи, аномальные и радиоактивные образования. Правительство пытаясь разобраться в причинах сильнейшего взрыва вводят регулярную армию Украины в Чернобыль. Военная операция не даёт результатов и заканчивается провалом. Вокруг заражённой территории возводится заграждение, называемое периметром. Его укрепляют блокпостами, усиленным патрулированием военных, теперь это самая охраняемое место в стране. А вот в одноимённой игре Сталкер Зов Припяти события развиваются по иному сценарию, в этом можно убедиться скачав Сталкер Зов Припяти с Торрент Геймера.
Со временем из-за периметра доходят разные слухи, о появлении новых видов животных, мутировавших из-за воздействия радиации, странных слитках, обладающих разного рода аномальными эффектами. Некоторые военные утверждают, что в зоне по ту сторону ограждения в некоторых местах совсем по-другому работают законы физики.
И на территорию зоны отчуждения начинают пробираться смельчаки, желающие заработать, на неизвестных науке предметах, получивших название артефакты. А самих ходоков называют Сталкерами.
Игроку предоставляется возможность начать игру за парня, который напрочь нечего не помнит. Он не знает откуда он пришёл в зону, и какие цели преследовал. Всё что осталось от прошлой жизни это запись на портативном компьютере: «Убить Стрелка» Сначала по сюжету игрок будет помогать местному торговцу в его делах, заодно осваиваясь в мире S.T.A.L.K.E.R. Торговец по кличке Сидорович, будет потихоньку вводить в курс дел в зоне, давая мелкие, но весьма интересные задания. В процессе игры, агрессивный и пропитанный радиацией мир Зоны неоднократно удивит игроков своим разнообразием. На пути будут встречаться не только разного рода мутировавшие монстры и смертельные ловушки, а также множество обустроенных мест для ночлега.
В Тени Чернобыля, как и в жизни день сменяет ночь, идёт дождь или светит солнце. Сталкеры торгуют между собой и делятся разными байками. Жизнь внутри зоны кипит, персонаж может устать и проголодаться, может нагрубить кому-то из бродяг и влипнуть в историю. Мир Зоны прекрасен и не предсказуем, сама игра имеет семь абсолютно разных концовок, всё зависит от того как персонаж вёл себя на протяжении игры и в какие двери входил. Практически каждое решение, принятое игроком, влияет на сюжетную линию, по которой будет двигаться персонаж. Это делает игру S.T.A.L.K.E.R даже сейчас одной из не многих игр в которую хочется играть снова.